机电工程系是广州市蓝天技工学校重点投资建设的专业系部，下辖机械基础、机械加工、数控技术、电气自动化等4个专业教研室，现有专业班级26个，在校学生800余人，专兼职教师20余名；开设有机电一体化、数控加工、模具设计、制冷设备运用与维修、电气自动化设备安装与维修等中、高技专业；建设有钳工、普通车工、普通铣工、数控车工、数控铣工、模具加工、电加工、PLC、单片机、电子技术、维修电工、电工上岗证、制冷设备检修等实训场室，配套建设有机械测绘室、数控编程室、数控仿真室、城市轨道交通仿真室等专用教室，是实训设备最完善的专业教学系部。